Les 4 champs de spécialisations possibles quel que soit le parcours présenté ne sont pas des thèmes hermétiques entre eux, mais présentent des interfaces. Ils sont travaillés dès le M1 S2 au cours de projets thématiques, du stage ou Projet Tuteuré Approfondi.

Semestre 1
● Étude de la variabilité (4 ECTS)
● Organismes pathogènes : des virus aux helminthes (4 ECTS)
● Description et inférence (2 ECTS)
● Problématiques et enjeux de l’épidémiologie des maladies (4 ECTS)
● Système d’information et bases de données (4 ECTS)
● Ecology Keys (2 ECTS)
● Écologie et Évolution des micro-organismes et du parasitisme (6 ECTS)
● Au choix parmi ces 4 UE : Phylogénie et Évolution (4 ECTS) ; Risque alimentaire (4 ECTS) ; Eau et Santé Publique (4 ECTS) ; Compléments de Compétences (4 ECTS)

Semestre 2
● Outils d’épidémiologie (2 ECTS)
● Analyses longitudinales, transversales et épidémiologiques (4 ECTS)
● Émergence : contexte éco-épidémiologiques et mécanismes (8 ECTS)
● Préparation au stage ou projet tuteuré approfondi (2 ECTS)
● Au choix parmi ces 7 UE : Santé publique et prévention (4 ECTS) ; Politique de Santé et Santé Publique (4 ECTS) ; Génomique évolutive (4 ECTS) ; Écologie évolutive (4 ECTS) ; EXDIM : Exploration des données multidimenseionnelles (4 ECTS) ; Alignement et Phylogénie (4 ECTS) ; Bioinformatics Learning Lab / Information biologique (4 ECTS) ;
● Au choix parmi ces 2 UE : Projet tuteuré approfondi (10 ECTS) ; Stage (10 ECTS)

Semestre 3
● Mécanismes de l’émergence des agents pathogènes (4 ECTS)
● Transmission : Étude de cas (2 ECTS)
● Gestion de projet en Épidémiologie fondamentale et appliquée (10 ECTS)
● Actualité de l’émergence (journal club) (2 ECTS)
● Au choix parmi ces 3 UE : Bioanalyse, transcriptome (4 ECTS) ; Données spatiales (4 ECTS) ; Phylogénie approfondie : méthodes et application en évolution (4 ECTS)
● Au choix, 2 parmi ces 4 UE : Arboviroses (4 ECTS) ; Eau vecteur d’agents pathogènes (4 ECTS) ; Usage de la nature : de la domestication aux pratiques modernes (4 ECTS) ; Soins, Technologies et Artificialisation (4 ECTS)

Semestre 4
● Professionnalisation et préparation au stage (4 ECTS)
● Stage de fin d’études EEI (26 ECTS)